Trong cơ chế quản lý thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hóa đơn và chứng từ luôn đóng vai trò là công cụ pháp lý trung tâm để xác định nghĩa vụ thuế cũng như điều kiện để được khấu trừ, hoàn thuế. Điều 25 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định cụ thể về các loại chứng từ mà cơ sở kinh doanh phải có để được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào trong hoạt động sản xuất, kinh doanh, đồng thời thiết lập một hành lang pháp lý rõ ràng nhằm ngăn ngừa các hành vi gian lận thông qua việc sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp.

  1. Quy định pháp luật về hóa đơn, chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng

Theo điểm a khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Điều 25 Nghị định 181/2025/NĐ-CP yêu cầu cơ sở kinh doanh phải có một trong các loại giấy tờ sau:

Thứ nhất, hóa đơn giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào. Đây là loại chứng từ phổ biến nhất và có vai trò căn bản trong việc xác lập nghĩa vụ thuế và làm căn cứ khấu trừ thuế. Theo quy định pháp luật hiện hành, hóa đơn giá trị gia tăng phải là hóa đơn hợp pháp, hợp lệ và hợp lý. Đồng thời, cơ sở kinh doanh còn phải thực hiện các nghĩa vụ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hóa đơn có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên nếu muốn được khấu trừ thuế.

Thứ hai, chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu. Trong trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa, thay vì nhận được hóa đơn GTGT thông thường, doanh nghiệp sẽ sử dụng tờ khai hải quan có xác nhận nộp thuế hoặc chứng từ nộp tiền vào ngân sách nhà nước làm căn cứ để được khấu trừ thuế GTGT đã nộp tại khâu nhập khẩu. Quy định này bảo đảm tính minh bạch trong hoạt động ngoại thương và đồng thời tránh hiện tượng trốn thuế bằng cách hợp thức hóa nguồn gốc hàng hóa nhập khẩu.

Thứ ba, chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài. Đây là quy định mang tính đặc thù, áp dụng cho trường hợp cơ sở kinh doanh tại Việt Nam sử dụng dịch vụ do tổ chức nước ngoài cung cấp mà tổ chức đó không hiện diện tại Việt Nam và không đăng ký thuế tại Việt Nam. Theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng, doanh nghiệp trong nước phải nộp thuế GTGT thay cho bên nước ngoài (thường gọi là hình thức khấu trừ và nộp thay thuế nhà thầu nước ngoài). Trong trường hợp này, chứng từ nộp thuế GTGT thay là căn cứ để cơ sở kinh doanh trong nước được khấu trừ khoản thuế đã nộp.

Bên cạnh đó, pháp luật còn cho phép sử dụng chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng theo tỷ lệ phần trăm trên doanh thu thay cho phía nước ngoài làm căn cứ khấu trừ. Đây là một cơ chế linh hoạt trong quản lý thuế nhà thầu đối với các dịch vụ xuyên biên giới, đặc biệt trong lĩnh vực kỹ thuật số, phần mềm, viễn thông, quảng cáo trực tuyến… vốn phát triển mạnh trong nền kinh tế số hiện nay.

2. Lưu ý 

Việc tuân thủ quy định về hóa đơn, chứng từ không chỉ là điều kiện cần để khấu trừ thuế giá trị gia tăng mà còn ảnh hưởng trực tiếp đến nghĩa vụ kế toán, thuế và pháp lý của doanh nghiệp. Trên thực tế, có nhiều trường hợp phát sinh vướng mắc, tranh chấp hoặc bị truy thu thuế do không đáp ứng đầy đủ yêu cầu về chứng từ. Một số tình huống cần đặc biệt lưu ý gồm:

Thứ nhất, sử dụng hóa đơn bất hợp pháp hoặc hóa đơn có dấu hiệu mua bán trái phép. Đây là một trong những vi phạm phổ biến trong hoạt động thương mại. Trong trường hợp doanh nghiệp sử dụng hóa đơn của bên không có thực, không hoạt động kinh doanh tại thời điểm lập hóa đơn, hoặc hóa đơn được mua bán dưới hình thức “hóa đơn đầu vào dịch vụ”, cơ quan thuế có quyền không chấp nhận khấu trừ và xử lý vi phạm theo quy định.

Thứ hai, chứng từ thanh toán không hợp lệ. Theo quy định, đối với hóa đơn có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên, nếu không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (như chuyển khoản, ủy nhiệm chi qua ngân hàng), doanh nghiệp sẽ không được khấu trừ thuế GTGT, trừ các trường hợp pháp luật cho phép (ví dụ: hàng hóa dịch vụ mua của cá nhân không kinh doanh, mua từ vùng sâu vùng xa…).

Thứ ba, sai sót trong chứng từ nộp thuế thay cho phía nước ngoài. Nhiều doanh nghiệp ký hợp đồng dịch vụ với tổ chức nước ngoài nhưng không kê khai và nộp thay thuế GTGT đúng quy định, dẫn đến việc không được khấu trừ chi phí và bị truy thu, xử phạt. Ngoài ra, cũng cần lưu ý trường hợp chứng từ ghi sai thông tin bên nộp thuế hoặc sai mã số thuế cũng có thể bị cơ quan thuế từ chối khấu trừ.

Thứ tư, hóa đơn điện tử cần đảm bảo tính hợp lệ và đúng thời điểm ghi nhận. Hệ thống hóa đơn điện tử đang dần thay thế hoàn toàn hóa đơn giấy. Việc doanh nghiệp nhận hóa đơn nhưng không đăng ký kịp thời hoặc hóa đơn bị thu hồi, bị cơ quan thuế đánh dấu là “không hợp pháp” sẽ ảnh hưởng nghiêm trọng đến khả năng khấu trừ và hoàn thuế.

Thứ năm, chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu phải đầy đủ thông tin và hợp lệ. Trong một số trường hợp, doanh nghiệp nộp thuế thông qua tổ chức dịch vụ hải quan hoặc đại lý ủy thác nhập khẩu, nếu không được cung cấp chứng từ nộp thuế đúng tên doanh nghiệp thì vẫn có thể bị từ chối khấu trừ. Đây là một điểm thường bị bỏ sót trên thực tế.

  1. Kết luận

Như vậy, bất kỳ khoản thuế giá trị gia tăng đầu vào nào muốn được khấu trừ cũng đều phải có chứng từ rõ ràng, hợp pháp, đúng mục đích sử dụng và phù hợp với quy định pháp luật. Việc kiểm soát chất lượng của hóa đơn, chứng từ không chỉ phục vụ quyền lợi của doanh nghiệp mà còn là một phần thiết yếu trong hệ thống kiểm soát thuế hiện đại.

CÁC DỊCH VỤ KHÁC