Khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) là một cơ chế pháp lý quan trọng nhằm bảo đảm nguyên tắc đánh thuế theo giá trị tăng thêm ở từng khâu của quá trình sản xuất, kinh doanh. Cơ chế này không những đảm bảo tính trung lập của thuế đối với hoạt động kinh doanh mà còn hạn chế tối đa tình trạng đánh thuế trùng. Trên tinh thần đó, Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP cụ thể hóa quy định của Luật Thuế GTGT 2024 về phạm vi, điều kiện và phương pháp xác định số thuế GTGT được khấu trừ đầu vào của các đối tượng nộp thuế. Quy định này có ý nghĩa rất lớn trong việc tạo ra sự công bằng, minh bạch trong hoạt động thu thuế, đồng thời hỗ trợ doanh nghiệp quản trị tài chính thuế hiệu quả.

  1. Quy định pháp luật về khấu trừ thuế giá trị gia tăng

– Nguyên tắc khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho hoạt động chịu thuế

Khoản 1 Điều 23 quy định nguyên tắc chung: nếu hàng hóa, dịch vụ mua vào được sử dụng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì thuế GTGT đầu vào được khấu trừ toàn bộ. Đáng chú ý, quy định này còn bao gồm cả các khoản thuế GTGT đầu vào phát sinh từ hàng hóa bị tổn thất hoặc hao hụt tự nhiên trong quá trình vận chuyển, với điều kiện tổn thất không được bồi thường.

Việc thừa nhận hao hụt tự nhiên, đồng thời cho phép khấu trừ thuế tương ứng trong giới hạn định mức là sự tiến bộ đáng kể trong chính sách thuế, phản ánh sự ghi nhận thực tiễn sản xuất kinh doanh, đặc biệt trong các ngành vận tải, xăng dầu, thực phẩm tươi sống… Tuy nhiên, để được khấu trừ, doanh nghiệp phải chứng minh tổn thất bằng hồ sơ, tài liệu hợp lệ như biên bản xác nhận tổn thất, định mức hao hụt được quy định bởi pháp luật hoặc văn bản của cơ quan quản lý chuyên ngành.

– Phân bổ thuế GTGT đầu vào khi sử dụng đồng thời cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế

Khoản 2 quy định cụ thể phương pháp xác định phần thuế GTGT đầu vào được khấu trừ trong trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ đồng thời cho cả hoạt động chịu thuế và không chịu thuế. Theo đó:

  • Doanh nghiệp phải hạch toán riêng phần thuế đầu vào dùng cho hoạt động chịu thuế và phần không được khấu trừ.
  • Trường hợp không thể hạch toán riêng, doanh nghiệp phải phân bổ theo tỷ lệ doanh thu giữa hoạt động chịu thuế và tổng doanh thu bán hàng trong kỳ.

Quy định này không chỉ đảm bảo sự công bằng trong nghĩa vụ thuế mà còn yêu cầu doanh nghiệp nâng cao năng lực kế toán, tài chính, từ đó góp phần minh bạch hóa thông tin tài chính.

Khoản 2 cũng liệt kê cụ thể các thành tố của tổng doanh thu, bao gồm cả giá trị gia tăng từ hoạt động chế tác vàng bạc đá quý và chênh lệch kinh doanh ngoại tệ, chứng khoán. Việc đưa ra công thức rõ ràng giúp cơ quan thuế và doanh nghiệp có cơ sở thống nhất khi xác định phần thuế được khấu trừ.

– Cách tính thuế GTGT đầu vào đối với dự án đầu tư hỗn hợp

Một điểm mới đáng chú ý là quy định tại điểm b khoản 2 về dự án đầu tư sử dụng đồng thời cho mục tiêu kinh doanh chịu thuế và không chịu thuế. Trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản, thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định được tạm khấu trừ theo phương án sản xuất kinh doanh. Sau đó, khi có doanh thu, doanh nghiệp phải điều chỉnh lại theo tỷ lệ thực tế trong 03 năm đầu tiên.

Trường hợp số thuế khấu trừ sau điều chỉnh giảm so với số đã hoàn trước đó, doanh nghiệp phải hoàn trả phần chênh lệch, nhưng không bị xử phạt vi phạm hành chính. Cách tiếp cận này thể hiện sự hợp lý và linh hoạt, tạo điều kiện cho doanh nghiệp đầu tư dài hạn nhưng vẫn kiểm soát được nghĩa vụ thuế trên cơ sở thực tế phát sinh.

– Khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức sử dụng viện trợ

Khoản 3 quy định doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức, cá nhân sử dụng vốn viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại. Quy định này bảo đảm tính trung lập và hỗ trợ các chương trình viện trợ phát huy hiệu quả tối đa trong thực tiễn, đồng thời giảm thiểu chi phí cho bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ.

– Khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đối với hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí

Khoản 4 tiếp tục khẳng định tính chất đặc thù của ngành dầu khí, theo đó toàn bộ thuế GTGT đầu vào của hoạt động tìm kiếm, thăm dò và phát triển mỏ đều được khấu trừ. Đây là cơ sở pháp lý quan trọng để khuyến khích đầu tư vào lĩnh vực khai thác tài nguyên, vốn đòi hỏi chi phí lớn và rủi ro cao.

  1. Một số lưu ý về khấu trừ thuế GTGT
  1. Tài liệu chứng minh tổn thất, hao hụt phải hợp pháp: Doanh nghiệp cần có biên bản xác nhận tổn thất được lập đúng trình tự, có đầy đủ chữ ký của đại diện các bên liên quan và có căn cứ hợp pháp như hợp đồng, chứng từ vận chuyển..
  2. Phải phân loại và hạch toán riêng chính xác: Việc ghi nhận sai lệch giữa hàng hóa sử dụng cho mục đích chịu thuế và không chịu thuế có thể dẫn đến truy thu, xử phạt về thuế.
  3. Phân bổ doanh thu cần căn cứ trên số liệu kế toán, không ước tính: Trường hợp không hạch toán riêng, tỷ lệ phân bổ doanh thu phải được tính toán theo dữ liệu kế toán được kiểm toán hoặc xác minh minh bạch. Cơ quan thuế có thể kiểm tra lại số liệu phân bổ và điều chỉnh nếu có sai sót.
  4. Đối với dự án đầu tư hỗn hợp, cần lưu trữ hồ sơ đầy đủ: Do thời gian điều chỉnh kéo dài 3 năm, doanh nghiệp cần lưu trữ đầy đủ hồ sơ về phương án kinh doanh, hồ sơ tạm khấu trừ, hóa đơn đầu vào, biên bản bàn giao tài sản cố định để chứng minh tính chính xác và hợp lệ của số thuế đã được khấu trừ.
  5. Cập nhật thường xuyên văn bản hướng dẫn và quy định mới: Thuế GTGT là lĩnh vực thay đổi nhanh, nhiều quy định, doanh nghiệp cần thường xuyên theo dõi, rà soát để đảm bảo không áp dụng sai chính sách.
  1. Kết luận

Quy định tại Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP là bước hoàn thiện quan trọng trong hệ thống chính sách thuế GTGT, bảo đảm thực thi đúng bản chất của thuế giá trị gia tăng là đánh vào phần giá trị tăng thêm, tránh đánh thuế trùng. Đồng thời, các quy định chi tiết về hồ sơ, tỷ lệ phân bổ, quyền khấu trừ trong các trường hợp đặc thù góp phần giảm thiểu xung đột pháp lý, rủi ro thuế và tạo ra môi trường kinh doanh minh bạch, hiệu quả. Doanh nghiệp cần nghiên cứu kỹ và áp dụng một cách chính xác, đồng thời tăng cường năng lực quản trị thuế nội bộ để đáp ứng yêu cầu ngày càng cao từ hệ thống pháp luật thuế hiện đại.

 

CÁC DỊCH VỤ KHÁC